Фондът е създаден през 1994г., след приемането на Закона за тютюна и тютюневите изделия (ЗТТИ). Основната му дейност е регулиране на тютюнопроизводството в страната.
През първите две години дейността на Фонда е свързана с:
· предоставяне на тютюнопроизводителите на квоти за производство на тютюн в началото на производствената година, в зависимост от желанието на търговците за изкупуване на определени типове, произходи, сортове и количества;
· определяне на минимални изкупни цени по типове, произходи и класи тютюн, формирани на база производствени разходи - трудовите и материални, по производството на разсад, отглеждането на тютюневата култура, беритбата на тютюневите листа, изсушаването и производителската манипулация на суровината.
По-късно Фонд "Тютюн" започва да премира тютюнопроизводителите за произведен и продаден от тях тютюн.
При изкупуването на тютюн реколта 1997 година и реколта 1998 година Фондът извършва интервениране на пазара на суров тютюн на страната, като изкупува произведения, но неизкупени от търговците тютюн и се грижи за запазване на качеството му до неговата препродажба. В последствие тази функция е отменена.
Средствата на Фонда, необходими за осъществяване на основната му дейност, се набират и разходват съгласно годишна приходно-разходна сметка.