Ген. Директор

Главен секретар

Обща администрация

- Дирекция "Административно-правна, човешки ресурси и финансова дейност"

- Главен счетоводител

- Главен юристконсулт

Специализирана администрация

- Главна дирекция "Растителна защита"

1. Отдел "Фитосанитарен контрол и интеграционна политика "

- сектор " Международно сътрудничество"

2. Отдел " Растителна защита"

- сектор "Агрохимия"

3. Отдел "Продукти за растителна защита /ПРЗ/"

- сектор "Биологично изпитване и регистрация на ПРЗ"

4. Отдел "Контрол на ПРЗ и издаване на лицензи"

- Централна лаборатория по карантина на растенията /ЦЛКР/;

- Лаборатория за болестите по картофите - Самоков

- Централна лаборатория за контрол на пестициди, нитрати, тежки метали и торове/ЦЛКПНТМТ/.

- 14 регионални служби за растителна защита, карантина и агрохимия/РСРЗ/ в: Благоевград, Бургас, Варна, Велико Търново, Видин, Враца, Добрич, Кюстендил, Плевен, Пловдив, Русе, София, Стара Загора и Хасково;

- 13 звена: Шумен, Търговище, Габрово, Монтана, Силистра, Ловеч, Пазарджик, Смолян, Разград, Сливен, Ямбол

- 36 Фитосанитарни ГКПП