Изпълнителна Агенция "Борба с градушките" е създадена през 1968г., с Разпореждане на Министерски съвет N 175/30.04.1968г., като "Служба за борба с градушките" към "Министерството на земеделието и хранителната промишленост" (МЗХП) с предмет на дейност - организация и провеждане на операции по защита на селскостопанските култури от градушки в защитаваните територии, проучване и внедряване на най-новите постижения на науката в областта на борбата с градушките и други неблагоприятни природни явления.

С Разпореждане N 6/19.02.1990г. Бюрото на Министерски съвет, считано от 01.03.1990г. се преименова на Дирекция "Борба с градушките".

На основание Писмо на Министерски съвет (ПМС) N203/10.11.1999г. Дирекция "Борба с градушките" към Министерството на земеделието и горите (МЗГ) се преобразува в Изпълнителна агенция "Борба с градушките" към МЗГ със същият предмет на дейност.