Агенцията е наследник на Националната почвена служба, създадена през 1991 г., а от 01.01.2001 г е преобразувана в Изпълнителна агенция по почвените ресурси. към МЗГ. Осъщестява специализирани дейности, свързани с качеството, опазването, възстановяването и подобряване плодородието на почвените ресурси и екологичните функции на почвената покривка.